Más de cinco años después, la segunda generación del modelo mantuvo el legado del motor central y la personalidad apasionada del original, pero al mismo tiempo adoptó un tono de categoría superior. Una carrocería más grande y de aspecto más exótico, un interior de más calidad y una conducción más cómoda y refinada expandieron aún más el atractivo del MR2, y con esa base tan sólida la segunda generación del MR2 siguió estando a la venta y teniendo demanda durante nada menos que diez años más.
A pesar de que la tercera —y última— generación llevaba el mismo nombre (en Japón pasó a ser MR-S), era claramente un sustituto indirecto. Dejó atrás la personalidad más grande y desarrollada de su predecesor para dar paso a un deportivo descapotable más pequeño, ligero y barato. El nuevo MR2 Roadster tenía todos los ingredientes para ser un deportivo puro y dinámico para el siglo siguiente.
Como el Celica, el MR2 se vio afectado por la ralentización en el mercado mundial de deportivos, y en 2007 finalmente cesó la producción. Tras dos décadas y tres generaciones en producción, el MR2 había dejado suficiente huella en bastantes vidas como para no ser olvidado fácilmente.